Sujet de thèse :
L’orobanche rameuse (Phelipanche ramosa) est un parasite obligatoire à large spectre d’hôte, responsable de pertes de rendement majeures sur colza. Ses graines sont capables de persister plus de dix ans dans le sol. A proximité de sa plante hôte, les graines de ce phytoparasite germent puis s’attachent aux racines du colza grâce à la formation d’un haustorium reliant les systèmes vasculaires des deux plantes. Cette interaction souterraine dépend de mécanismes complexes encore mal compris, impliquant des facteurs abiotiques (température, régime hydrique du sol) et biotiques (communautés microbiennes). Il résulte des interactions hôte et son microbiote/phytoparasite/environnement une forte hétérogénéité des niveaux d’infestation de P. ramosa dans les parcelles agricoles et une forte difficulté à prédire le risque parasitaire tant à un niveau intra- qu’inter-parcellaire. De plus, une résistance potentielle des sols à l’orobanche a été récemment montrée, suggérant l’existence de taxas microbiens pouvant être impliqués dans le contrôle des populations du phytoparasite. Toutefois, les bases biologiques de cette résistance des sols et les fonctions microbiennes impliquées demeurent encore mal comprises. Cette thèse vise ainsi à identifier les facteurs environnementaux (température, régime hydrique du sol et communautés microbiennes) modulant la fitness du phytoparasite, P. ramosa dans les sols. Le projet s’organise en trois axes complémentaires. Le premier axe visera à analyser l’impact du régime hydrique, de la température et de leur combinaison sur la germination et l’attachement du parasite à son hôte, ainsi que sur les relations entre la fitness du parasite, la croissance du colza et la structure du microbiote. Le second axe cherchera à décrypter le rôle du microbiote en identifiant les taxons et fonctions associés à une réduction du phytoparasitisme du colza en conditions contrôlée. Il sera basé sur une analyse comparative de la structure du microbiote en fonction de la capacité des sols à favoriser ou non le développement de l’orobanche. Le troisième axe sera consacré à l’établissement, à partir des résultats du second axe, de communautés microbiennes synthétiques (SynCom) capables de protéger le colza puis à l’évaluation de leur capacité en conditions contrôlées à limiter le phytoparasitisme. Ce projet de thèse contribuera à une meilleure compréhension des déterminants écologiques du parasitisme du colza par P. ramosa et ouvrira la voie à des stratégies de biocontrôle fondées sur la manipulation du microbiote et des conditions environnementales.
Contexte :
Ce projet de thèse est financé par le projet ANR Orofit (PRC ANR-25-CE32-3577). Il sera co-dirigé par C. Prigent-Combaret (équipe Rhizosphère, Ecologie Microbienne (LEM), UMR CNRS 5557, Lyon) et par S. Gibot-Leclerc (équipe biodiverSE, Agroécologie, UMR INRAe 1347, Dijon). Le doctorant réalisera ses travaux de thèse principa
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